Na temporada de 1987 a equipe de Lotus trocou os motores Renault pelos Honda. O segundo piloto passou a ser o também japonês Satoru Nakajima. Por causa do novo patrocinador a cor do carro também mudou, saiu o preto e entrou o amarelo.

Senna abandonou com problemas no motor no GP do Brasil. Foi pole position em San Marino e terminou a prova em segundo lugar. Por causa de um acidente não completou o GP da Bélgica. A etapa seguinte foi disputada nas ruas estreitas do Principado de Mônaco. Largou na segunda posição ao lado do inglês Nigel Mansell.

Em Mônaco largar na frente é meia vitória por causa dos poucos pontos de ultrapassagem. O inglês liderou a prova da 1ª à 29ª volta. Da 30ªen diante a liderança ficou com Ayrton Senna até o final. Três anos depois da frustração de 1984 ele venceu pela primeira vez no Principado.

Três semanas depois ele venceu em outro circuito de rua, o de Detroit no EUA. Pontuou nas demais etapas do campeonato, com exceção de Portugal, México e Austrália. Terminou o campeonato em terceiro lugar.